Osnovana je krajem 1992. godine, svega nekoliko mjeseci nakon početka agresije na Bosnu i Hercegovinu. Sarajevo je već bilo u potpunoj blokadi i izloženo svakodnevnom neprekidnom granatiranju, uništavanju cjelokupnog urbanog gradskog područja i brutalnom ubijanju njegovog civilnog stanovništva. Opsada i uništavanje trajali su više od 1.200 dana. Mala grupa sarajevskih intelektualaca, koji su odlučili da ne napuštaju svoj grad, počela se sastajati u podrumskim prostorijama nezavisne i veoma popularne lokalne radio-stanice STUDIO 99, sa namjerom da razradi strategiju i modalitete svog intelektualnog otpora agresiji i nacionalizmu.

Veoma brzo usaglašeni su osnovni principi i pravci djelovanja, kao i temeljna načela koja su izražavala želju i odlučnost da se Bosna i Hercegovina sačuva kao cjelovita, nezavisna i suverena država, uređena na principima građanske demokratije, u njenim povijesnim geopolitičkim granicama priznatim od međunarodne zajednice. U osnove tako uređene demokratske, građanske, veoma decentralizovane države treba da bude ugrađena i ostvarena ideja slobodnog i otvorenog civilnog društva jednakopravnih građana-pojedinaca, nezavisno od njihovih posebnih polnih, socijalnih, političkih, vjerskih, nacionalnih i kulturnih identiteta, ostvarena kroz konkretnu i potpunu ustavnu i zakonsku garanciju svih temeljnih ljudskih prava i sloboda. Stav osnivača i prvih članova KRUGA 99 bio je da je samo na tim osnovama moguće je obnoviti multinacionalno, multireligijsko i multikulturno biće Bosne i Hercegovine i viševjekovnu tradiciju i bogatstvo zajedničkog života u toleranciji i poštivanju različitosti i posebnosti svake etničke skupine na ovom tlu. To je ujedno i jedini efikasan način da se pobijedi nacionalizam, nepovjerenje među ljudima i spriječi podjela Bosne i Hercegovine na etničkoj osnovi.

Na takvim idejama nastala je ASOCIJACIJA NEZAVISNIH INTELEKTUALACA "KRUG 99", kao vanstranačko nevladino udruženje građana. Multinacionalni sastav KRUGA 99 i slobodno ispoljavanje nacionalnih, vjerskih i političkih osjećanja njegovih članova praktično dokazuje mogućnost zajedničkog života, tolerancije i međusobnog uvažavanja. Zbog toga je KRUG 99 vrlo brzo sticao sve više članova i simpatizera. Sve njih ujedinjuje i obavezuje vizija slobodne, demokratske države Bosne i Hercegovine, potpune slobode i jednakopravnosti njenih građana i mira kao njihovog najvišeg ideala. Nacionalizam, šovinizam, politički i vjerski fanatizam, socijalna nepravda, bilo koji oblik diskriminacije pojedinaca i grupa, kao i svaki, naročito kulturni izolacionizam nespojivi su sa načelima ljudskih prava i sloboda, a to znači i sa načelima KRUGA 99.

Unapređivanje mira, organizovanje Bosne i Hercegovine kao demokratske pravne države svih njenih naroda i jednakopravnih građana i demokratsko uspostavljanje i organizovanje civilnog društva osnovni su i neposredni ciljevi KRUGA 99. Kroz različite oblike intelektualnih aktivnosti u okviru Asocijacije ili individualnom djelatnošću svojih članova KRUG 99 praktično pomaže očuvanje i obnovu multietničkog i multikulturalnog života. Zalažući se za takvu državu Bosnu i Hercegovinu članovi KRUGA 99 zalagali su se i za Sarajevo kao njen glavni grad, zato što je multietnički, multireligijski i multikulturni grad Sarajevo uvijek bio primjer srećnog susreta i skladnog zajedništva različitih nacija, vjera i kultura. Jedan od primarnih ciljeva blokade i uništavanja Sarajeva bilo je uništenje svih tragova takvog zajedničkog života. Da bi se to postiglo Sarajevu je bila namijenjena sudbina etnički podijeljenog grada, što bi značilo ne samo konačnu smrt Sarajeva, nego i kraj multinacionalne Bosne i Hercegovine.

Upravo zato KRUG 99 je početkom 1994. godine inicirao i formulisao tekst DEKLARACIJE O SLOBODNOM i JEDINSTVENOM SARAJEVU, politički dokument koji je potpisalo 185 hiljada građana Sarajeva i gotovo miliom građana sa svih kontinenata. To je bila inicijativa i akcija koja je KRUGU 99 priskrbila veliki ugled u Sarajevu, ali i u Evropi i svijetu.

Prve i najdublje kontakte KRUG 99osim u Sarajevu sa SRPSKIM GRAĐANSKIM VIJEĆEM, uspostavio je sa FORUMOM GRAĐANA TUZLE I BEOGRADSKIM KRUGOM, ali se kroz kontakte i posjete saradnja razvila i sa intelektualnim krugovima demokratskog opredjeljenja iz Banjaluke, Mostara, Bihaća i mnogih drugih gradova BiH, kao i Srbije, Crne Gore i Slovenije. Sa FORUMOM GRAĐANA TUZLE iniciran je i uspješno realizovan projekat GRAĐANSKI ALTERNATIVNI PARLAMENT - pokret građanske inicijative u BiH, kao udruženje (asocijacija) građana pojedinaca, nevladinih i nestranačkih organizacija i civilnih aktera Bosne i Hercegovine, kao izraz potrebe da se koordiniraju i usaglašavaju aktivnosti i inicijative za uspostavljanje institucija parlamentarne demokratije i civilnog društva. Danas KRUG 99 aktivno sarađuje sa mnogobrojnim domaćim i inostranim nevladinim organizacijama, asocijacijama i institucijama u BiH i državama bivše Jugoslavije, kao i sa mnogim najvišim instituvijama međunarodne zajednice.

Posebno intenzivne kontakte i međusobne posjete KRUG 99 ostvaruje sa intelektualcima iz Švicarske, Francuske, Njemačke, Belgije, Holandije, Danske, Švedske, Norveške, SAD, Italije i drugih zemalja. Članovi KRUGA 99 pojedinačno i kolektivno bili su gosti mnogih institucija i udruženja u Parizu, Beču, Briselu, Grazu, Ženevi, Pragu, Helsinkiju, Rimu i mnogim drugim gradovima Evrope.

U KRUGU 99 danas djeluje više od 150 eminentnih ličnosti naučnog, kulturnog, umjetničkog i javnog života, među kojima ima članova Akademije nauka BiH, pisaca, novinara, slikara, filmskih reditelja, ljekara, ekonomista, pravnika, pozorišnih umjetnika, teologa, muzičara, humanista i drugih ličnosti. Za detalje pogledaj cjelokupni popis članova.

Među članovima KRUGA 99 su i intelektualci drugih država, koji žive i djeluju, kao istaknuti članovi, u Rimu, Parizu, Beču, Londonu Briselu, Sofiji, Njujorku, Helsinkiju, Ljubljani, Beogradu, Rovinju, Zagrebu i drugim gradovima Evrope i bivše Jugoslavije.

Asocijacija nezavisnih intelektualaca KRUG 99, zajedno sa SRPSKIM GRAĐANSKIM VIJEĆEM, VIJEĆEM KONGRESA BOŠNJAČKIH INTELEKTUALACA i HRVATSKIM NARODNIM VIJEĆEM dvije godine je bila aktiva u procesu obezbjeđivanja jednakopravnosti svih konstitutivnih naroda na čitavoj teritoriji BiH, što je rezultiralo donošenjem poznate odluke Ustavnog suda BiH.

KRUG 99 je za svoje djelovanje primio više međunarodnih nagrada i priznanja, među kojima se posebno ističu: Nagrada FONDACIJE OLOF PALME (Štokholm), Nagrada FONDACIJE KRALJA BOUDOUINA (Brisel) i Nagrada FONDACIJE ALBERTO MORAVIA (Rim).

Tokom 2003. godine KRUG 99 će raznim radnim manifestacijama obilježiti 10-godišnjicu svoga djelovanja.